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题目： 学位论文题目要简明、确切，不罗唆，不冗长。评委或读者一看题目就知道你的主要工作。有些同学是在博士期间做了几个不同的内容，这样题目就很难表达准确题意。可以突出一点，但不要将不是很密切的几个内容都写在一个题目上。还有些论文是几个不相干的内容，这样题目就更难定了（这种设计本来就先天不足）。不管怎样，一个题目就是一个主题，只能有所舍取。如果都罗列上，实在是不伦不类。还有些论文是一个大主题下的一点点工作，如果需要，可以以副标题的形式给出更多的信息。 特别提醒：注意论文题目可千万不要有错别字，尤其是在封面上。
摘要： 简明扼要是主要的。摘要是一篇论文的浓缩和精华。内行的人看摘要就知道你的主要发现和结论，外行的人也能了解你做了什么，得到了那些重要发现。因此，选题的意义（理论和应用），用什么方法（尤其是先进设备和技术）做了哪些工作？获得了哪些主要结果和结论？是摘要的主要内容，但不需要罗列很多。一篇学位论文不可能有很多重大发现，但是一篇学位论文没有一点闪光的地方也是不可能的。因此要下功夫挖掘自己结果的重要性和结论的重要性。 特别提醒：一篇论文切忌没有结论。
英文摘要： 最基本的要求是要可读，没有语法错误(readable and correct English)， 如果语言地道那就最好了。一旦语法、拼写、时态、单复数、语态等等，出现多个不足，一般读者就没有欲望再读下去了。
前言： 有些学位论文有一个大前言。所谓大前言，就是相对每个章节而言，每个章节内往往还有一个前言。前言要讲清楚研究背景，论文涉及到的研究内容的相关进展，主要是学说、理论等方面的发展，国内外现在存在的争论，遗留的问题等等。然后要介绍所研究的对象，相关的研究积累，已经有的主要发现，还没有解决的问题或者值得进一步解决的问题。根据积累和国内外学科领域的发展，围绕感兴趣的科学问题，提出科学假说（Hypothesis），根据科学假说，提出预测(Prediction)等。这也就是研究的目的了。选准了问题，目的就明确了。许多论文是没有问题，没有假说，只是说国内还没有相关资料，因此我就做了。现在的科学（尤其是生物科学），多数是以假说驱动的研究(hypothesis-driven)，达尔文时代的那种博物学(Natural history)式的研究还是很重要，但是已经不是主流了。因此，如果你从事的不是野外考察研究，不是需要经过大量的考察和积累后才能获得一些结论性的内容的研究的话，一定要注意当今这种“问题－假说－预测－设计－实验－数据分析”的流程思维的培养。
在前言中，要注意告诉读者这项研究在科学上的重要意义在哪里，相关结果在科学发展上会有哪些贡献。如果对国计民生有重大贡献是一定要说明的。 特别提醒：切忌前言写成堆积文献而没有介绍研究背景。研究意义和目的一定要明确突出。所引用的图表一定要注明出处。
材料和方法 这部分是相对容易写的。用什么设备，什么技术，什么配方，测定哪些指标等等。但是论文写作还是要有逻辑的，首先不要写成大学的实验报告，有些学生将使用的化学试剂列一个表，注明公司和产品信息等。这没有必要，也不能这样写。应该是将相关信息融在文字里面，如测定什么指标，用什么试剂，在什么设备上测定，这样就将参数、试剂、仪器、方法等连起来了。再者，生物学实验是有内在逻辑性的（其他学科不清楚），如生理学实验中，如果动物还没有处死，就不能先描述血液激素等的测定方法、组织线粒体的测定方法等，还是要按照常规逻辑进行，如实验动物来自哪里？如何饲养？饲养条件（温度、光照、食物成分、笼具规格……），怎么进行实验处理？处理时间？收集哪些参数和指标？什么时间收集？什么时间处死动物？器官组织如何处理？……这些信息都需要详细给出，不能简略，还有注意内在逻辑性。值得提醒的是，如果不是自己创立的方法，所采用的方法和技术的描述一定要列出相关的参考文献。 生物学研究中当今特别关注数据统计。统计方法的描述要特别注意，不同的参数类型要使用不同的分析方法，要说明具体的分析方法。如行为学数据不是正态分布的数据，有些数据是同一批动物在不同时间取样（重复性测定数据），有些是季节采样（有不同动物，也有相同动物通过标记进行季节采样），有些数据是百分比……具体的数据采用什么统计学方法是需要注意和描述清楚的。 材料方法部分与前言部分是密切相关的，前言中计划要验证的相关假说，需要什么样的实验处理，测定哪些指标才能实现，这些信息就需要在材料和方法部分详细介绍。 特别提醒：材料和方法切忌简化、他人不能重复。每个方法如果不是独创，都要有来源。
结果： 这是论文最精华的部分，是多年辛苦劳动的成果。有些同学喜欢按照不同的章节进行描述，这是可以的。每个章节可以独立成文，在每个章节内的前言就需要更加具体化，科学问题也就更直接和具体。方法介绍也是更具体细致。 结果部分也要注意逻辑性，先说什么，后说什么，要层次清楚。基本要求是图表要美观，用图表表示结果的目的就是要将研究结果表述得一幕了然，如增加还是减少，变化趋势如何，相关关系等等。但要注意有些数据是不能用折线图的，只有连续的数据才能用折线图。图的设计和美化过程很重要，字体、线段粗细等等，这些都是要花费很大功夫的。统计学信息要详细给出来。 要时刻记住：结果是针对问题来的，结果是经过相应的实验设计，经相关处理后获得的，收集数据的过程自然是要严格仔细，数据要确保真实可信，这才是好的结果。 特别提醒：切忌在结果部分只有图表，没有文字描述；或者在文章中有描述，但没有说明数据在哪里（相关图表）。
讨论： 这部分是在结果的基础上进行的升华。首先主要结果和结论要突出出来，然后分析其合理性、重要性，有哪些证据支持，提高在那里，发展在那里。在学科领域内的贡献是什么。同时一定要结合前言中提出的假说和预测。告诉读者，你的研究结果是支持了所提出的假说，还是拒绝，还是中性。
每个结论性的内容，只要是引自文献，一定要给出出处。文献引用要阅读原文，尽量不要转引，起码要看看原文的论文摘要。现在许多引用与论文中的内容不沾边，或者是错误引用。同时正确理解原文也是很重要的，一旦理解错误，也是很大的问题。
在分析自己的结果的时候，在生物学中，还要注意掌握生物体的基本生物学特性，如分布在那里？食性？是否冬眠？分类地位？生境情况，气候情况等等，不注意这些信息，或者不了解这些信息，许多科学问题是理解不了的，也是解释不好的，即使有好的结果也很难得出好结论。这些可能适合宏观生物学领域。
讨论部分要就事论事，忌讳堆砌文献，罗列一长串，不知所云。避免总是介绍国际上已经获得了哪些结果，最后没有很好地将这些信息用于分析自己的结果、阐述自己的结论上。
作为生物学研究，由于研究的哲学不同（生物有其特殊的生物哲学，著名科学家迈尔有过详细阐述），因此一个生物学现象应该力求给出近因（Proximate cause）和远因（Ultimate cause）。一个生物学现象，不从这两个方面进行阐述，会有很大的不足。生物哲学这一点是与物理哲学等不同的，也就是说，一个生物学现象我们给出导致这种现象的原因后（所谓的机理性研究，如分子生物学、基因组学研究等），还要解释为什么会有这种现象（进化上的解释）。我们测定的是一个瞬时的生态学、生理学、生物化学或者分子生物学指标，但是这个指标所反映可是无数个世代后的一个现象，这个无数个时代的进化过程中到底发生了哪些事情？是需要我们分析的。
如果论文结果以多个章节进行展示，在每个章节中最好有个小结，总结本章的主要发现和结论。有时也可以指出实验的不足或需要补充的内容。 特别提醒：讨论要有主次，切忌面面俱到、处处不深入、含含糊糊。
结语： 建议全文有个结语部分（不见得都需要）。结语是全文的总结，再次提醒读者你所研究所获得的主要结论，重要贡献，不足，以及建议可以进一步开展的相关内容。注意的是，结语不要与摘要重复，不要与每个章节的小结重复。太多的重复是非常忌讳的。
文献综述： 文献综述是反映学生掌握文献的情况，对国内外发展所掌握的情况，对文献的过滤和综合能力。 特别提醒：不要涉及面太广、太大。要围绕几个主题展开。论文的研究内容是以文献综述为基础的。一定要注意引用：图表的出处，每个结论的出处。
参考文献： 这部分往往容易出问题，主要是由于不细心导致的。首先，在论文内引用的文献，在参考文献部分一定要列出来；反之，参考文献中列出的每篇文献，必须都是文内引用的。前后一定要一致。参考文献的引用要精，不是越多越好。实际上许多学生是根本没有阅读那些文献。既然没有阅读，列上干什么呢？你参考了吗？如果没有参考，怎么放到了参考文献中去？关于细节问题，只要细心就不会有作者姓名错误、刊物名称错误、动物名称错误、页码错误、大小写错误等等。我有个建议，参考文献中的中文文献最好列在英文文献的前面，且最好是按照姓氏笔画排序。有些同学说按照拼音排序不是一样吗？我的观点是我们的中国字，顺序是笔划，不是拼音。只是个人的爱好而已，至少我学生的论文都是建议他们这样排序的。
致谢：
这部分我们一定要强调和重视。我已经有篇博文说明了如何写论文的致谢部分。20多年的求学之路，拿到了学术界最高的学位，说不兴奋是假的。但是这部分一定是要真情流露，要用心去写，尽量不要有遗漏，但也忌讳说过头的话。有些师生关系、同事关系、同学关系等不是很融洽的，在这个时候，研究生要胸怀宽广一些，人家以前帮助过你，你还是要致谢的。这毕竟是写在纸上的，如果由于狭隘的思维，对于帮助过你的一些人故意不致谢，也许在以后的某一天，你想挽回，但已经没有这种可能了。因此还是要学会宽容，要海纳百川，不要留下任何情意上的遗憾。特写要说明的是，研究生的学习生活主要在研究组内，平时跟研究生管理部门接触不多，甚至有些同学也就是入学时报个到，毕业时办个手续。但是，平时所有的研究生事务管理，研究生管理部门的老师们是很辛苦的，从入学、录取，一直到毕业，他们都在默默忙碌着，毕业时刻，应该好好谢谢他们。对于研究室的实验人员、仪器管理人员等等，都是需要记住他们的帮助，给以谢意的。这方面就不多说了。
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